El 8 de mayo de 2006 la Fundación Universitaria de Popayán, FUP y la Corporación Universitaria Minuto de Dios - UNIMINUTO suscriben una alianza estratégica con la finalidad de “emprender una misión conjunta de apoyo e identificación de soluciones que contribuyan al mejoramiento integral de la Institución”. El objetivo es ampliar la cobertura a un mayor número de estudiantes, ofreciendo facilidades de pago y métodos de educación innovadores. Así mismo diversificar las opciones en educación superior ofreciendo a la comunidad no solo lo programas propios sino los de UNIMINUTO que además de contar con acreditación de alta calidad en Bogotá son de gran proyección social. 

Gracias a la alianza la FUP alcanzó su auto sostenibilidad y consolidación, mediante la apropiación del modelo de gestión UNIMINUTO, pasando de 566 estudiantes a 7000, de 60 empleados a 550 y de 7 programas a 16, todo esto en los primeros 8 años de acompañamiento. 

Actualmente, la FUP es una institución reconocida en la región que fortalece la Investigación, Internacionalización y Proyección Social.

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